R Shiny 使用 .pgpass 破坏 PostgreSQL 身份验证

Question

我的数据库密码存储在 pgpass.conf 文件中。我使用 RPostgres 从 R 连接到数据库，没有指定密码，所以它是从 pgpass.conf 读取的，如下所示：

con <- dbConnect(RPostgres::Postgres(), 
                 dbname = "dbname",
                 user = "username",
                 host = "localhost",
                 port = "5432")

它通常运行良好，但是当我尝试从闪亮的应用程序连接到数据库时它不起作用。连接定义和上面完全一样，放在server.R脚本中。当我运行使用默认参数的 Shiny 应用程序时，出现错误：

FATAL:  password authentication failed for user "username"
password retrieved from file "C:\Users\...\AppData\Roaming/postgresql/pgpass.conf"

当连接定义中明确给出密码时：

con <- dbConnect(RPostgres::Postgres(), 
                 dbname = "dbname",
                 user = "username",
                 host = "localhost",
                 password = "mypass",
                 port = "5432")

一切正常。

更奇怪的是，当 shiny 的端口设置为某个值时，例如：shiny::runApp(port = 4000)，连接建立时没有指定密码，但仅限于第一次 - 这意味着当应用程序关闭并且在同一 R 会话中重新打开，错误再次发生。

我已经测试了软件包 'RPostgreSQL' - 它也不起作用，只有错误消息不同：

Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
  RS-DBI driver: (could not connect postgres@localhost on dbname "dbname")

我使用 32 位 R，但我已经在 64 位上测试过它，结果是一样的。闪亮的应用程序在浏览器 (Chrome) 和 Rstudio Viewer 中都是运行。

这是我的会话信息：

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=Polish_Poland.1250  LC_CTYPE=Polish_Poland.1250        LC_MONETARY=Polish_Poland.1250
[4] LC_NUMERIC=C                   LC_TIME=Polish_Poland.1250    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] RPostgres_0.1  DBI_0.3.1.9008 shiny_0.12.2  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] R6_2.1.1         htmltools_0.2.6  tools_3.2.2      rstudioapi_0.3.1     Rcpp_0.12.1.3    jsonlite_0.9.17  digest_0.6.8    
[8] xtable_1.7-4     httpuv_1.3.3     mime_0.4         RPostgreSQL_0.4

Answer 1

Shiny 和您的系统 R GUI 之间的命令运行环境可能有所不同。我通过将我的凭据存储在 Renviron file:

中来解决这个问题

readRenviron("~/.Renviron")
con <- dbConnect(RPostgres::Postgres(), 
                 dbname = Sys.getenv('pg_db'),
                 user = Sys.getenv('api_user'),
                 ...)

关键是您可以为暂存和生产环境维护单独的 Renviron。这允许您的脚本使用 commandArgs() 来指定它应该使用的数据库凭据：

#!/usr/bin/env Rscript
environ_path <- switch(commandArgs(),
                  'staging' = {"~/staging.Renviron"},
                  'production' = {"~/production/Renviron"})

readRenviron(environ_path)

然后从BASH:

Rscript analysis.R staging

Answer 2

错误在 Postgresql 中：

C:\Users\...\AppData\Roaming/postgresql/pgpass.conf

文件路径包含“/”而不是“\”

R Shiny 使用 .pgpass 破坏 PostgreSQL 身份验证

R Shiny breaks PostgreSQL authentication with .pgpass

r

postgresql

shiny

rpostgresql