创建循环流程图 (circos)

Question

我正在寻找一款可以创建如图所示图表的应用程序。我一直在使用 gephi 并尝试使用 circos。 Gephi 仍处于测试阶段，circos 需要大量配置才能获得图表。我正在寻找更简单的方法，可以将 csv 文件转换成这样的图表。

Answer 1

在Python中，可以使用

1. CircosPlot 来自 nxviz (used to be circos). This is developed by Eric Ma 在 Matplotlib 之上。请注意，文档似乎很少，但由于 Eric 没有为此付费（并且是一名博士生），我相信他会很感激帮助改进文档。
Bokeh 提供的
2. Chord 看起来不错，但我不确定调整它的显示方式有多简单（请注意 box_zoom 工具会造成视觉失真，请将其关闭 通过 specifying the plot tools 使用 kwarg tools='pan,wheel_soom,save,reset')
3. plotly

在 R 中，您可以使用

1. chordDiagram from the circlize 包裹
2. chorddiag 来自 chorddiag 包