使用 RcppArmadillo 时无法使用 devtools 构建 R 包

Question

这是我的第一个 Whosebug 问题，请大家多多关照！

我非常享受最近发现的使用 devtools 构建 R 包的能力。但是，一旦我尝试构建一个使用 RcppArmadillo 的包，我的运行ning devtools::document()、devtools::check() 和 devtools::build() 工作流程就不再有效.

例如，我有一个（希望是非常小的 + 完整的）我正在尝试开发的包的测试版本：https://github.com/suztolwinskiward/fooR/。 fooR 只包含一个函数，它是 fields 包中 rdist.earth 函数的 C++ 实现。

运行 devtools::document("fooR") 吐出很多消息（有几条暗示 "undefined references" 不存在于我的源代码中的无法解释的变量对我来说，然后失败了：

    collect2: ld returned 1 exit status
    no DLL was created
    ERROR: compilation failed for package 'fooR'
    * removing 'C:/Users/I53794/AppData/Local/Temp/RtmpWgC8nD/devtools_install_1ea473123086/fooR'
    Error: Command failed (1)

另一方面，当我获取依赖于 RcppArmadillo 的 C++ 函数时，它似乎运行很好：

> Rcpp::sourceCpp('./src/rdist_earth_cpp.cpp')
> data('miami')
> data('new_orleans','katrina_path')
> rdist_earth_cpp(katrina_path,new_orleans)
            [,1]
 [1,] 1042.36073
 [2,]  998.96793
 [3,]  957.69315
 [4,]  917.91486
 [5,]  868.07791
 [6,]  805.73485
 [7,]  763.01476
 [8,]  726.10133
 [9,]  692.14482
[10,]  670.15133
[11,]  662.23353
[12,]  625.55592
[13,]  601.08682
[14,]  579.73940
[15,]  560.32660
[16,]  539.14192
[17,]  510.15438
[18,]  481.40037
[19,]  442.52322
[20,]  391.96619
[21,]  331.66378
[22,]  271.79088
[23,]  201.24749
[24,]  128.12647
[25,]   56.99198
[26,]   45.80297
[27,]   32.96609
[28,]   81.71237
[29,]  189.31050
[30,]  296.92104
[31,]  406.12593
[32,]  516.08458
[33,]  654.81113
[34,]  808.21670

这让我觉得我尝试在我的包中使用 RcppArmadillo 的方式有问题，但我无法弄清楚是什么。非常感谢任何建议！

P.S。我很惊讶这里没有 RcppArmadillo 标签....

Answer 1

您的 NAMESPACE 文件是空的。它应该包含如下内容：

useDynLib(fooR)
exportPattern("^[[:alpha:]]+")

Answer 2

'devtools::document()' 编译您的代码，老实说，我不确定为什么。这意味着如果编译失败，文档就不会完成。在您的情况下，这似乎意味着您没有写入 NAMESPACE。

按照德克的建议开始，并添加内容，但必须在文档完成之前进行编译。

Answer 3

最终起作用的是用 RcppArmadillo.skeleton.package 初始化一个新包，将我以前的所有文件移到其中，手动记录，然后使用 RStudio 中的 GUI 按钮检查和构建。这感觉很笨拙，我真的很喜欢使用 roxygen2 更好地编写文档——但作为依赖 RcppAmadillo 的包开发的相对新手，我很高兴现在找到了一种成功构建的方法！

Answer 4

除了 jtilly 的回答和 Dirk 的评论：

RcppArmadillo.package.skeleton() 生成正确的命名空间文件，但是在通过 document() 运行 roxygen2 之后，命名空间只包含一行

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

和 DynLib/export 指令被覆盖。要让 roxygen2 自动生成正确的命名空间，请将新的 R 文件添加到包含以下内容的包目录的 R 子目录中：

#' @useDynLib YourPackageName
#' @importFrom Rcpp evalCpp
#' @exportPattern "^[[:alpha:]]+"
NULL

此文件的名称无关紧要，但 YourPackageName.r 通常用于此（某种）"main file"。

当运行"document()"时，生成如下命名空间文件：

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom(Rcpp,evalCpp)
useDynLib(YourPackageName)

这与 RcppArmadillo 0.6.700.6.0 通过 RcppArmadillo.package.skeleton() 生成的命名空间相同。

使用 RcppArmadillo 时无法使用 devtools 构建 R 包

Trouble building R package wtih devtools when it uses RcppArmadillo

devtools

armadillo

rcpp

r-package