如何查看 Perl 模块的对象参数？

Question

如何查看可以传递给 Perl 模块上的新对象的 arguments/parameters？我通常会去 CPAN 并查看 SYNPOSIS 部分以了解我正在尝试做的事情的示例。但是他们提供的示例和描述并不总是全面的，我最终不得不寻找其他人使用该模块的示例，并希望有人尝试过以与我相同的方式使用该模块。

这是我尝试使用的最新模块

 use Bio::DB::GenBank;
 my $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format     => 'Fasta',
                                -seq_start  => 2,
                                -seq_stop   => 51,
                                -strand     => 1,
                                -complexity => 1);

如何查看可以传递给 Bio::DB::GenBank->new() 的完整参数列表。有没有办法查看 object/object/module 定义？还是对象的构造函数？

编辑：我刚刚意识到我可以从 CPAN 下载模块并自己查看模块中的代码以获得对象参数，但我想知道是否有人有更好的方法？

Answer 1

CPAN 上的模块 - 确定了解的方法是查看代码，看看它们做了什么。这并不总是特别直截了当，但它是唯一的真理来源。

否则还有文档，开发人员应该在其中描述 (public) 模块功能。这并不总是会发生，有时开发人员清楚的事情，并不是每个潜在的模块用户都清楚。

但这在一定程度上是使用 public 贡献模块库的权衡 - 有些模块经过精心打磨，闪闪发光，而另一些则......好吧，更像是一个工作-进步。

好消息是 - 大多数维护者都乐于接受更新和修复。通常，某些东西 'lacking' 仅仅是因为可用时间，或者它在功能方面满足当前需求。

Answer 2

首先要做的是查看文档，这是 Perl 的规则，因为它可以在命令行中使用：

perldoc Bio::DB::GenBank

该检查不需要时间。如果这没有告诉您您需要知道的一切，就像在这种情况下一样，我总是会查看接下来的测试。在我看来，这是查看 class/method 应该如何工作的最简单方法。如果您有一点经验，阅读好的测试比阅读文档要 better/faster。阅读代码对我来说通常是最后的手段，因为即使是简单的代码通常也很难理解，我认为这可能归咎于风格差异（和 Perl 本身）。

此时，如果您找不到任何测试或文档，您需要问问自己这个模块是否值得您花时间。我会说几乎总是答案是否定的。有用和流行的模块应该有一些基本的测试和文档。需要注意的一件事（尤其是 BioPerl）是，如果有文档，它可能来自另一个模块。人们经常将模块复制过来，更改代码，然后将其上传到 CPAN 或 github :-/.

您没有问具体问题，但我猜您正试图 get/manipulate 来自 GenBank 的数据。在这种情况下，我会建议直接使用 NCBI 的 E-Utilities 接口或使用 Bio::DB::EUtilities from BioPerl (not core though, separate install). There are some nice guides such as the EUtilites Cookbook and the EUtilities webservices guide，尽管后者是基于 SOAP 服务的，可能超出了大多数用途的需要。

如果您有更具体的问题，我也很乐意提供帮助。

如何查看 Perl 模块的对象参数？

How to view the object arguments of a Perl module?

oop

perl

cpan

perl-module

bioperl