阴影 graph/network 情节？

Question

我正在尝试绘制相当大且密集的网络 (dput here)。我最终得到的只是一堆重叠的点，这并不能真正让我了解网络的结构或密度：

library(sna)
plot(data, mode = "fruchtermanreingold")

然而，我看到了利用褪色来可视化点重叠程度的图，例如：

如何在图表中实现此 "fading"？

Answer 1

这是一种方法：

library(sna)
library(network)

source("modifieddatafromgist.R")

plot.network(data, 
             vertex.col="#FF000020", 
             vertex.border="#FF000020", 
             edge.col="#FFFFFF")

首先，我在要点中添加了一个 data <- 以便可以找到它。

其次，您需要确保正确的 library 调用，以便正确分配对象类并使用正确的 plot 函数。

第三，您应该使用 fruchtermanreingold 布局的额外参数（这是 plot.network 的默认参数）来扩展区域并增加迭代次数。

第四，你应该在情节之前做一个set.seed，这样人们就可以重现输出示例。

第五，我特意删除了 cruft，这样您就可以看到点重叠，但是您可以更改边和顶点的 alpha（并且您也应该更改边宽）以获得您想要的结果。

?plot.network 中有大量帮助可以帮助您配置这些选项。

阴影 graph/network 情节？

Shaded graph/network plot?

plot

r

graph

sna