如何从 pubmed data ncbi 下载所有摘要数据
How do I download all the abstract datas from the pubmed data ncbi
我想下载所有的 pubmed 数据摘要。
有谁知道如何轻松下载所有 pubmed 文章摘要?
我得到了数据的来源:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/af/12/
是否可以下载所有这些 tar 文件..
提前致谢。
有一个名为 rentrez
https://ropensci.org/packages/ 的包。看一下这个。您可以通过特定关键字或PMID等检索摘要。希望对您有所帮助。
更新:您可以通过使用以下代码传递您的 IDS 列表来下载所有摘要。
library(rentrez)
library(xml)
your.ids <- c("26386083","26273372","26066373","25837167","25466451","25013473")
# rentrez function to get the data from pubmed db
fetch.pubmed <- entrez_fetch(db = "pubmed", id = your.ids,
rettype = "xml", parsed = T)
# Extract the Abstracts for the respective IDS.
abstracts = xpathApply(fetch.pubmed, '//PubmedArticle//Article', function(x)
xmlValue(xmlChildren(x)$Abstract))
# Change the abstract names with the IDS.
names(abstracts) <- your.ids
abstracts
col.abstracts <- do.call(rbind.data.frame,abstracts)
dim(col.abstracts)
write.csv(col.abstracts, file = "test.csv")
我明白这是一个有点老的问题。
如果你想获得所有带有 python 的 pubmed 条目,我刚才写了以下脚本:
import requests
import json
search_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&mindate=1800/01/01&maxdate=2016/12/31&usehistory=y&retmode=json"
search_r = requests.post(search_url)
search_data = search_r.json()
webenv = search_data["esearchresult"]['webenv']
total_records = int(search_data["esearchresult"]['count'])
fetch_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmax=9999&query_key=1&webenv="+webenv
for i in range(0, total_records, 10000):
this_fetch = fetch_url+"&retstart="+str(i)
print("Getting this URL: "+this_fetch)
fetch_r = requests.post(this_fetch)
f = open('pubmed_batch_'+str(i)+'_to_'+str(i+9999)+".json", 'w')
f.write(fetch_r.text)
f.close()
print("Number of records found :"+str(total_records))
它首先在 2 个日期之间发出 entrez/eutils 搜索请求,这可以保证捕获所有 pubmed。然后从该响应中检索 'webenv'(保存搜索历史记录)和 total_records。使用 webenv 功能可以避免将单独的记录 ID 交给 efetch 调用。
抓取记录 (efetch) 只能以 10000 条为一批进行,for 循环处理抓取 9,999 条记录的批次并将它们保存在标记文件中,直到检索到所有记录。
请注意,请求可能会失败(非 200 个 http 响应、错误),在更可靠的解决方案中,您应该将每个 requests.post() 包装在 try/except 中。在 dumping/using 文件数据之前,您应该确保 http 响应具有 200 状态。
我想下载所有的 pubmed 数据摘要。 有谁知道如何轻松下载所有 pubmed 文章摘要?
我得到了数据的来源: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/pmc/af/12/
是否可以下载所有这些 tar 文件..
提前致谢。
有一个名为 rentrez
https://ropensci.org/packages/ 的包。看一下这个。您可以通过特定关键字或PMID等检索摘要。希望对您有所帮助。
更新:您可以通过使用以下代码传递您的 IDS 列表来下载所有摘要。
library(rentrez)
library(xml)
your.ids <- c("26386083","26273372","26066373","25837167","25466451","25013473")
# rentrez function to get the data from pubmed db
fetch.pubmed <- entrez_fetch(db = "pubmed", id = your.ids,
rettype = "xml", parsed = T)
# Extract the Abstracts for the respective IDS.
abstracts = xpathApply(fetch.pubmed, '//PubmedArticle//Article', function(x)
xmlValue(xmlChildren(x)$Abstract))
# Change the abstract names with the IDS.
names(abstracts) <- your.ids
abstracts
col.abstracts <- do.call(rbind.data.frame,abstracts)
dim(col.abstracts)
write.csv(col.abstracts, file = "test.csv")
我明白这是一个有点老的问题。
如果你想获得所有带有 python 的 pubmed 条目,我刚才写了以下脚本:
import requests
import json
search_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&mindate=1800/01/01&maxdate=2016/12/31&usehistory=y&retmode=json"
search_r = requests.post(search_url)
search_data = search_r.json()
webenv = search_data["esearchresult"]['webenv']
total_records = int(search_data["esearchresult"]['count'])
fetch_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmax=9999&query_key=1&webenv="+webenv
for i in range(0, total_records, 10000):
this_fetch = fetch_url+"&retstart="+str(i)
print("Getting this URL: "+this_fetch)
fetch_r = requests.post(this_fetch)
f = open('pubmed_batch_'+str(i)+'_to_'+str(i+9999)+".json", 'w')
f.write(fetch_r.text)
f.close()
print("Number of records found :"+str(total_records))
它首先在 2 个日期之间发出 entrez/eutils 搜索请求,这可以保证捕获所有 pubmed。然后从该响应中检索 'webenv'(保存搜索历史记录)和 total_records。使用 webenv 功能可以避免将单独的记录 ID 交给 efetch 调用。
抓取记录 (efetch) 只能以 10000 条为一批进行,for 循环处理抓取 9,999 条记录的批次并将它们保存在标记文件中,直到检索到所有记录。
请注意,请求可能会失败(非 200 个 http 响应、错误),在更可靠的解决方案中,您应该将每个 requests.post() 包装在 try/except 中。在 dumping/using 文件数据之前,您应该确保 http 响应具有 200 状态。