使用特征库进行主成分分析

Question

我正在尝试使用 Eigen 在 C++ 中计算数据集中的 2 个主要主成分。

我目前的做法是将[0, 1]之间的数据归一化，然后将均值居中。之后我计算协方差矩阵和运行特征值分解。我知道 SVD 更快，但我对计算组件感到困惑。

这是我如何操作的主要代码（其中 traindata 是我的 MxN 大小的输入矩阵）：

Eigen::VectorXf normalize(Eigen::VectorXf vec) {
  for (int i = 0; i < vec.size(); i++) { // normalize each feature.
      vec[i] = (vec[i] - minCoeffs[i]) / scalingFactors[i];
  }
  return vec;
}

// Calculate normalization coefficients (globals of type Eigen::VectorXf). 
maxCoeffs = traindata.colwise().maxCoeff();
minCoeffs = traindata.colwise().minCoeff();
scalingFactors = maxCoeffs - minCoeffs;

// For each datapoint.
for (int i = 0; i < traindata.rows(); i++) { // Normalize each datapoint.
  traindata.row(i) = normalize(traindata.row(i));
}

// Mean centering data.
Eigen::VectorXf featureMeans = traindata.colwise().mean();
Eigen::MatrixXf centered = traindata.rowwise() - featureMeans;

// Compute the covariance matrix.
Eigen::MatrixXf cov = centered.adjoint() * centered;
cov = cov / (traindata.rows() - 1);

Eigen::SelfAdjointEigenSolver<Eigen::MatrixXf> eig(cov);
// Normalize eigenvalues to make them represent percentages.
Eigen::VectorXf normalizedEigenValues =  eig.eigenvalues() / eig.eigenvalues().sum();


// Get the two major eigenvectors and omit the others.
Eigen::MatrixXf evecs = eig.eigenvectors();
Eigen::MatrixXf pcaTransform = evecs.rightCols(2);


// Map the dataset in the new two dimensional space.
traindata = traindata * pcaTransform;

这段代码的结果是这样的：

为了确认我的结果，我对 WEKA 进行了同样的尝试。所以我所做的是按此顺序使用归一化和中心过滤器。然后主成分过滤并保存+绘制输出。结果是这样的：

从技术上讲，我应该做同样的事情，但结果却大不相同。谁能看看我有没有弄错？

Answer 1

缩放到0,1时，修改了局部变量vec但忘记更新traindata。

此外，这样可以更轻松地完成此操作：

RowVectorXf minCoeffs = traindata.colwise().maxCoeff();
RowVectorXf minCoeffs = traindata.colwise().minCoeff();
RowVectorXf scalingFactors = maxCoeffs - minCoeffs;
traindata = (traindata.rowwise()-minCoeffs).array().rowwise() / scalingFactors.array();

即使用行向量和数组特征。

我还要补充一点，对称特征值分解实际上比 SVD 更快。在这种情况下，SVD 的真正优势在于它避免了对条目进行平方，但由于您的输入数据已标准化并居中，并且您只关心最大的特征值，因此这里没有准确性问题。

Answer 2

原因是 Weka 标准化了 数据集。这意味着它将每个特征的方差缩放到单位方差。当我这样做时，情节看起来是一样的。从技术上讲，我的方法也是正确的。

使用特征库进行主成分分析

Principal Component Analysis with Eigen Library

c++

pca

eigen