如何在 r 中以一种颜色为树状图上的相同标签着色

Question

我在 r 中对一些数据进行了聚类，并将结果绘制为树状图。我现在想知道的是如何更改标签的颜色，以便相同的标签具有相同的颜色。

我使用以下代码得到了树状图：

> d<-stringdist::stringdistmatrix(AR_GenesforR$AR_Genes)
> cl <-hclust(as.dist(d))
> plot(cl, label=AR_GenesforR$AR_Genes)
> groups <- cutree(cl, k=2)
> rect.hclust(cl, k=2, border="red")

生成的树状图如下所示：

我现在想做的是给所有相同的标签涂上相同的颜色，例如。所有 2010 为黄色，所有 2011 为蓝色，依此类推。我已经研究了很多，但大多只找到了根据标签所在的簇为标签着色的方法。有人知道我如何做我想做的事吗？

Answer 1

这是一个函数，可以根据 dendextend R package (here is a short 2 page paper on the package).

执行您的要求

x <- c(2011,2011,2012,2012,2015,2015,2015)
names(x) <- x
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))

color_unique_labels <- function(dend, ...) {
    if(!require(dendextend)) install.packages("dendextend")
    if(!require(colorspace)) install.packages("colorspace")
    library("dendextend")

    n_unique_labels <- length(unique(labels(dend)))
    colors <- colorspace::rainbow_hcl(n_unique_labels)
    labels_number <- as.numeric(factor(labels(dend)))
    labels_colors(dend) <- colors[labels_number]
    dend
}


par(mfrow = c(1,2))
plot(dend)
dend2 <- color_unique_labels(dend)
plot(dend2)

如何在 r 中以一种颜色为树状图上的相同标签着色

How to color the same labels on dendorgram in one colour in r

r

cluster-analysis

dendrogram

dendextend