Perl中readline()未打开的文件句柄错误

Question

我无法修复代码中的错误。我正在尝试获取代码以读取输入文件并仅提取 [] 之间的内容。但是，我得到的错误是 readline() on unopened filehandle...我不确定我在这里为 while () 文件句柄做错了什么。

#!/usr/bin/perl
use warnings;

my $file = '';
my $newfile = '';
open($newfile, '>', 'newmyosin.fasta') or die "Can't create file", $!;
open($file, '<', 'myosin.fasta') or die "Can't open file", $!;

while(<$file>) {
        print;
        chomp;
        if ( $_ =~ /\[(.+)\]/ ) {
                $file = ;
        }
}

因此，例如：

这将是我输入文件的一部分的样子：

>gi|115527082|ref|NP_005954.3| myosin-1 [Homo sapiens] 
>gi|226694176|sp|P12882.3|MYH1_HUMAN RecName: Full=Myosin-1; AltName: Full=Myosin heavy chain 1; AltName: Full=Myosin heavy chain 2x; Short=MyHC-2x; AltName: Full=Myosin heavy chain IIx/d; Short=MyHC-IIx/d; AltName: Full=Myosin heavy chain, skeletal muscle, adult 1 [Homo sapiens] 
>gi|119610411|gb|EAW90005.1| hCG1986604, isoform CRA_b [Homo sapiens]
MSSDSEMAIFGEAAPFLRKSERERIEAQNKPFDAKTSVFVVDPKESFVKATVQSREGGKVTAKTEAGATVTVKDDQVFPM
NPPKYDKIEDMAMMTHLHEPAVLYNLKERYAAWMIYTYSGLFCVTVNPYKWLPVYNAEVVTAYRGKKRQEAPPHIFSISD
NAYQFMLTDRENQSILITGESGAGKTVNTKRVIQYFATIAVTGEKKKEEVTSGKMQGTLEDQIISANPLLEAFGNAKTVR
NDNSSRFGKFIRIHFGTTGKLASADIETYLLEKSRVTFQLKAERSYHIFYQIMSNKKPDLIEMLLITTNPYDYAFVSQGE
ITVPSIDDQEELMATDSAIEILGFTSDERVSIYKLTGAVMHYGNMKFKQKQREEQAEPDGTEVADKAAYLQNLNSADLLK
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INFTNEKLQQFFNHHMFVLEQEEYKKEGIEWTFIDFGMDLAACIELIEKPMGIFSILEEECMFPKATDTSFKNKLYEQHL
GKSNNFQKPKPAKGKPEAHFSLIHYAGTVDYNIAGWLDKNKDPLNETVVGLYQKSAMKTLALLFVGATGAEAEAGGGKKG
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DFKQRYKVLNASAIPEGQFIDSKKASEKLLGSIDIDHTQYKFGHTKVFFKAGLLGLLEEMRDEKLAQLITRTQAMCRGFL
ARVEYQKMVERRESIFCIQYNVRAFMNVKHWPWMKLYFKIKPLLKSAETEKEMANMKEEFEKTKEELAKTEAKRKELEEK
MVTLMQEKNDLQLQVQAEADSLADAEERCDQLIKTKIQLEAKIKEVTERAEDEEEINAELTAKKRKLEDECSELKKDIDD
LELTLAKVEKEKHATENKVKNLTEEMAGLDETIAKLTKEKKALQEAHQQTLDDLQAEEDKVNTLTKAKIKLEQQVDDLEG
SLEQEKKIRMDLERAKRKLEGDLKLAQESTMDIENDKQQLDEKLKKKEFEMSGLQSKIEDEQALGMQLQKKIKELQARIE
ELEEEIEAERASRAKAEKQRSDLSRELEEISERLEEAGGATSAQIEMNKKREAEFQKMRRDLEEATLQHEATAATLRKKH
ADSVAELGEQIDNLQRVKQKLEKEKSEMKMEIDDLASNMETVSKAKGNLEKMCRALEDQLSEIKTKEEEQQRLINDLTAQ
RARLQTESGEYSRQLDEKDTLVSQLSRGKQAFTQQIEELKRQLEEEIKAKSALAHALQSSRHDCDLLREQYEEEQEAKAE

除此之外，我想创建一个新文件 "newmyosin.fasta"，它将在 header 中的括号内为该样本提取有机体名称（例如 [Homo sapiens]。 Perl 代码用于从 myosin.fasta 文件中读取多个样本，从括号 [] 中取出名称，然后写入新文件（例如 newmyosin.fasta ).

谢谢！

Answer 1

正如我在中所说，您在读取文件的过程中将文件句柄重新分配给捕获组。由于您为输出打开了一个单独的文件，我假设您想将匹配的字符串打印到该文件。

话说回来，你的要求很模糊，你的样本输入看起来不准确，你也没有提供任何样本输出，但如果我正确理解你的意图，我认为这就是你想要的：

my $file = 'myosin.fasta';
my $tmp = "$file.tmp";

open(my $new, '>', $tmp) or die "Can't open $tmp: $!";
open(my $old, '<', $file) or die "Can't open $file: $!";

while (<$old>) {
    if (/\[([^]]+)\]/) {
        print $new "\n";
    }
}

close($old);
close($new);

rename($file, "$file.bak");
rename($tmp, $file);

脚本运行之后 myosin.fasta 的内容：

Homo sapiens
Homo sapiens
Homo sapiens

Answer 2

当你这样做时：

$file = ;

您覆盖了您的文件句柄。然后你不能再从它读取。你会得到提到的错误。

您当然应该将匹配项保存在其他地方，例如：

my $match = ;

可能还会打印它：

print $newfile $match;

Perl中readline()未打开的文件句柄错误

readline () unopened file handle error in Perl

perl

filehandle