如何在 r 中更改树状图标签

Question

我在 R 中有一个树状图。它基于使用 hclust 的层次聚类。我正在为不同颜色的标签着色，但是当我尝试使用 dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column) 更改我的 dedrogram 的标签（到集群所基于的数据框的行）时，标签被替换，但位置错误.例如：

我的树状图如下所示：

 ___|___
|      _|_
|     |   | 
|     1   0
2

当我现在尝试像上面指定的那样更改标签时，标签已更改，但它们是按照数据框中的顺序从左到右应用的。如果我们假设我的原始数据框看起来像这样

df:
   Column1  Column2
0     1        A
1     2        B
2     3        C

我想要的是这个：

    ___|___
   |      _|_
   |     |   | 
   |     B   A
   C

但我实际得到的是：

    ___|___
   |      _|_
   |     |   | 
   |     B   C
   A

数据的聚类及其到树状图的转换如下：

> d <- stringdistmatrix(df$Column1, df$Column1)
> cl <- hclust(as.dist(d))
> dend = as.dendrogram(cl)

谁能告诉我如何根据索引用另一列的值标记我的树状图？

Answer 1

在您创建的 hclust 对象中，cl，您有一个名为 "order" 的元素，其中包含元素在树状图中的顺序。

如果要更改标签，需要将新标签按相同的顺序排列(cl$order)，所以"new"树状图是正确的：

df$column2[cl$order]

Answer 2

The dendextend package 允许您使用以下命令直接更新树状图（以及 hclust）：

x <- c(1:5)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))

if(!require(dendextend)) install.packages("dendextend")
library("dendextend")

labels(dend)
labels(dend) <- c(21:25)
labels(dend)

如何在 r 中更改树状图标签

How to change dendrogram labels in r

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cluster-analysis

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