来自点数据的存在-不存在数据

Question

拜托，我真的需要你的帮助。我有一个点数据（ Lon 和 Lat ），我想从中创建存在-不存在数据。我怎样才能在 R 中做到这一点？例子

             species        lon   lat
Oncorhynchus_kisutch    -130.25 55.75
Oncorhynchus_kisutch    -129.75 55.75
Oncorhynchus_kisutch    -130.25 55.25
Oncorhynchus_kisutch    -129.75 55.25
Oncorhynchus_kisutch    -129.25 55.25
Oncorhynchus_kisutch    -133.25 54.75
Oncorhynchus_kisutch    -131.75 54.75
Oncorhynchus_kisutch    -131.25 54.75

我希望点数据如下所示；

LAT: -90:0.25:90 ---> vector LAT 720
LON: -180: 0.25:180 ----> vector LON 1440

 Cell no   PAS
      1      0
      2      0
      3      0
      4      1
      5      0
      6      1
      7      0
      8      0
      9      0
      .
      .
      .
1039680      1

即纬度 720 和经度 1440。

Answer 1

可能有更简单的方法来做到这一点，但我做了以下事情：

创建已知分辨率的网格
查询 lon/lat 个匹配项并使 presence=1 匹配

（可选）转换为矩阵

# Load data
df <- read.table(text=
"species        lon   lat
Oncorhynchus_kisutch    -130.25 55.75
Oncorhynchus_kisutch    -129.75 55.75
Oncorhynchus_kisutch    -130.25 55.25
Oncorhynchus_kisutch    -129.75 55.25
Oncorhynchus_kisutch    -129.25 55.25
Oncorhynchus_kisutch    -133.25 54.75
Oncorhynchus_kisutch    -131.75 54.75
Oncorhynchus_kisutch    -131.25 54.75
",
header=TRUE
)
head(df)

 # create grid
reso = 0.25
xs <- seq(-180, 180, by=reso)
ys <- seq(-90, 90, by=reso)
grd <- expand.grid(
  x=xs,
  y=ys,
  presence=0
)
head(grd)

# query
for(i in seq(nrow(df))){
  tmp <- which(df$lon[i] == grd$x & df$lat[i] == grd$y)
  if(length(tmp)>0){
    grd$presence[tmp] <- 1
  }
}

png("plot.png", width=5, height=5, units="in", res=600, type="cairo")
plot(grd$x, grd$y, pch=1, cex=1, col=c(NA, 1)[grd$presence+1], lwd=0.5)
dev.off()

mat <- list(x=xs, y=ys, z=matrix(grd$presence, nrow=length(xs), ncol=length(ys)))
png("mat.png", width=5, height=5, units="in", res=600, type="cairo")
image(mat, useRaster=TRUE, col=c(NA, 1))
dev.off()

如果放大矩阵，您会看到黑色的存在网格。

来自点数据的存在-不存在数据

Presence- absence data from point data

r

raster