找不到 Graphviz 的可执行文件 (Python 3.4)

Question

我在运行宁 Python3.4 Windows 7. 我正在尝试使用 graphviz 的 Python 界面。这是我打算运行:

的脚本

from graphviz import Digraph
import pydotplus

dot = Digraph(comment='The Round Table')

dot.node('A', 'King Arthur')
dot.node('B', 'Sir Bedevere the Wise')
dot.node('L', 'Sir Lancelot the Brave')
dot.edges(['AB', 'AL'])
dot.edge('B', 'L', constraint='false')

print(dot.source)
dot.render('test-output/round-table.gv', view=True)

我在运行时收到以下错误：

RuntimeError: failed to execute ['dot', '-Tpdf', '-O', 'test-output/round-table.gv'], make sure the Graphviz executables are on your systems' path

现在我确定我已经正确安装了正确的依赖项。我首先尝试设置正确的环境变量。 graphviz 可执行文件位于 C:\Program Files (x86)\Graphviz2.37\bin 所以我去了环境变量部分。那里有两个部分：用户变量和系统变量。在系统变量下，我点击 Path 然后点击 Edit 并添加 ;C:\Program Files (x86)\Graphviz2.37\bin 到字符串的末尾并保存。这并没有清除错误。

然后，按照given here的回答，我把pydot卸载了（其实我这里用的是pydotplus），重新安装了一遍，还是没有成功。

我已经尝试了几个小时来解决这个问题，但整个 PATH 变量的事情只是令人困惑和沮丧。

Answer 1

据了解，Graphviz2.37 在 windows 上的 PATH 变量存在问题。我卸载了它，删除了与其关联的环境变量，而是下载并安装了较新的测试版 2.39，它现在运行得非常棒。

Answer 2

在 jupyter(ipython) notebook with anaconda in win10 我通过 pip install graphviz

安装 graphviz 后 conda install graphviz 解决了这个问题

Answer 3

我在 Ubuntu(14.04) 上遇到了与 Jupyter 相同的问题。

为了解决这个问题，我将点库添加到 python sys.path

首先：检查dot是否安装，

然后：找到他的路径 whereis dot -> /local/notebook/miniconda2/envs/ik2/bin/dot

最后在 python 脚本中：sys.path.append("/local/notebook/miniconda2/envs/ik2/bin/dot")

Answer 4

在我的情况下（Win10、Anaconda3、Jupyter notebook）在 "conda install graphviz" 之后我必须添加到 PATH：C:\Users\username\Anaconda3\Library\bin\graphviz

要修改 PATH goto Control Panel > System and Security > System > Advanced System Settings > Environment Variables > Path > Edit > New

Answer 5

我解决了它直接从 https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html 安装并包含在 windows 路径中：

C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin

C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38

重启后windows

Answer 6

当你添加 C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin 到 PATH，然后你必须关闭你的 IDE 环境，如 spyder 并重新启动，你将解决 "RuntimeError:make sure the Graphviz executables are on your systems' path"

Answer 7

为了解决这个问题，当你成功安装graphviz2.38后，然后将你的PATH变量添加到系统path.Under系统变量你可以点击路径然后点击编辑并添加;C:\Program Files（ x86)\Graphviz2.38\bin 到字符串的末尾 saved.After 那，像 spyper 一样重新启动你的 pythonIDE，然后它运行良好。

不要忘记关闭 Spyder 然后重新启动。

Answer 8

我在 Ubuntu 16.04 也遇到了这个问题。

除了我已经执行的 pip 安装之外，运行 sudo apt-get install graphviz 已修复。

Answer 9

我和 Windows 10.

有同样的问题

首先，我用下面的命令安装了graphviz-2.38.0没有任何问题...

install -c anaconda graphviz=2.38.0

其次，我用下面的命令安装了pydotplus没有任何问题...

install -c conda-forge pydotplus

在那之后，当我开始可视化我的决策树时，{InvocationException: GraphViz's executables not found}...

出现了以下问题

C:\Users\admin\Anaconda3\lib\site-packages\pydotplus\graphviz.py in create(self, prog, format)
   1958             if self.progs is None:
   1959                 raise InvocationException(
-> 1960                     'GraphViz\'s executables not found')
   1961 
   1962         if prog not in self.progs:

InvocationException: GraphViz's executables not found

在我的例子中，修复它所要做的就是将 graphviz 可执行文件的环境路径放入我的用户 PATH 环境变量中，这修复了它。只要确保它是 YOUR.exe 文件所在的路径 :)

C:\Users\admin\Anaconda3\pkgs\graphviz-2.38.0-4\Library\bin\graphviz

Answer 10

因为没有提到 Mac OS 我会补充说我在 OS X Yosemite 上遇到了同样的问题，我找到的解决方案是 brew install graphviz

这解决了问题，不确定我是否不应该只编辑此列表中的其他答案之一，因为它们似乎都是相同的答案，除了 Python图书馆。

Answer 11

只需安装

conda install graphviz

然后安装

conda install -c conda-forge pydotplus

Answer 12

对于 windows 8.1 和 python 2.7，我按照以下步骤解决了问题

1。下载并安装 graphviz-2.38.msi http://www.graphviz.org/pub/graphviz/stable/windows/graphviz-2.38.msi

2。设置路径变量

控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量 > 路径 > 编辑
添加'C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin'

Answer 13

我在 Anaconda 3 上使用 Windows 10、Python 3.6，遇到了同样的问题。

我已经通过按顺序执行以下操作让它工作了：

从 Anaconda 终端：pip install pydotplus
从 Anaconda 终端：conda 安装 pydotplus
从 Anaconda 终端：pip install graphviz
从 Anaconda 终端：conda install graphviz
转到Windows Environment Varialbes、PATH，并在Anaconda 的graphviz 目录下添加了我的dot.exe 文件的位置。

之后工作正常。

Answer 14

如果您使用的是 Win10，请安装 Graphviz (link)，然后使用以下命令添加路径。

import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + 'C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38/bin/'

Answer 15

请注意，我使用的是 windows10。以下某些内容可能适用于其他版本的 windows 或操作系统，也可能不适用：

** 注 2：**
"the Graphviz bin file address on your system" 可以是 C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin 或您在那里安装 Graphviz 的任何其他路径。

我们不仅在 Graphviz 上遇到问题，而且在我们想在 Jupyter 中使用的其他外部 EXE 文件上也遇到问题。
原因是当 jupyter 想要导入一个包时，它会在工作目录中查找它，当它找不到包时，它会出现 returns 这样的错误。
我们可以做的是解决这个问题如下：
1) 检查您的系统上是否安装了 Graphviz，如果没有，您可以从以下位置下载并安装它：

https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html
然后安装。安装 Graphviz 时，请记住安装它的位置（在哪个文件夹中）。如果您在使用

时看到上述错误

import graphviz

那么你有几个选择：

2) 可以通过

调用ipynb中的.exe文件

import os
os.environ["PATH"] += os.pathsep + r'the Graphviz bin file address on your system'

根据我的经验，它只适用于我正在使用的同一个 ipynb，每次我打开笔记本时，我都需要调用这行代码。

3) 如果你想让Jupyter在哪里找到exe文件，你需要设置环境路径。
在 windows 10 中，您可以这样做：
控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量 > 路径 > 编辑 > 新建
然后添加 "the Graphviz bin file address on your system" 在 windows 8 或更低版本中转到：
控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量
然后将 ;（分号）+ "the Graphviz bin file address on your system" 添加到路径字符串
的末尾注意：记得重启你的机器。

4）即使这不起作用，定义一个变量去：
控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量然后：

然后定义一个变量如下：

记得将变量命名为 Graphviz。最后重启你的电脑，希望它能正常工作。

Answer 16

请使用pydotplus代替pydot

查找：C:\Users\zhangqianyuan\AppData\Local\Programs\Python\Python36\Lib\site-packages\pydotplus
打开graphviz.py
查找第1925行-第1972行，查找函数：
```
def create(self, prog=None, format='ps'):
```

在函数中找到：

if prog not in self.progs:
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "%s" not found' % prog)

if not os.path.exists(self.progs[prog]) or \
        not os.path.isfile(self.progs[prog]):
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "{}" is not'
        ' a file or doesn\'t exist'.format(self.progs[prog])
    )

在两个块之间添加这个（你的 Graphviz 的可执行路径）：

  self.progs[prog] = "C:/Program Files (x86)/Graphviz2.38/bin/gvedit.exe"`

相加后结果为：

if prog not in self.progs:
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "%s" not found' % prog)

self.progs[prog] = "C:/Program Files (x86)/Graphviz2.38/bin/gvedit.exe"

if not os.path.exists(self.progs[prog]) or \
        not os.path.isfile(self.progs[prog]):
    raise InvocationException(
        'GraphViz\'s executable "{}" is not'
        ' a file or doesn\'t exist'.format(self.progs[prog])
    )

保存修改后的文件就可以运行成功了。
最好保存成bmp文件，png文件不行。

Answer 17

尝试了很多方法，这才是真正解决问题的方法 - 它适用于 windows 8.1/10 和 python 3。

1。 pip 安装 graphviz

2。所需的关键操作是通过以下步骤设置路径变量：

一个。控制面板 > 系统和安全 > 系统 > 高级系统设置 > 环境变量 > 路径 > 编辑 b.添加 'C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin'

Answer 18

我不确定这是否是这个问题的答案，但这似乎也是 "how do I get graphviz to run on my setup?" 话题。我也没有看到任何地方提到 python-graphviz。

因此： Ubuntu 16.04，conda Python 3.7，使用 Jupyter 笔记本。

conda install -c anaconda graphviz
conda install -c conda-forge python-graphviz

仅尝试第一个命令后图像无法呈现；他们确实在运行第二个之后渲染。

我也安装了 pydot-plus，但没有发现行为、性能或图像分辨率有任何变化。

Answer 19

我尝试设置环境变量。 work.I 我不在 Windows 环境中吗结合以上方法对我有用：

已从 https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html
将解压后的文件夹复制到C:\Users\\AppData\Local\Continuum\anaconda3\pkgs\Graphviz2.38

我在我的代码中调用了 Graphviz 位置

构建分类器

import sklearn.datasets as datasets
import pandas as pd
from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier
iris=datasets.load_iris()
df=pd.DataFrame(iris.data, columns=iris.feature_names)
y=iris.target

dtree=DecisionTreeClassifier()
dtree.fit(df,y)

构建树

from sklearn.externals.six import StringIO  
from IPython.display import Image  
from sklearn.tree import export_graphviz
import pydotplus
import graphviz
import os
os.environ\["PATH"\] += os.pathsep + 'C:/Users/tstusr/AppData/Local/Continuum/anaconda3/pkgs/Graphviz2.38/bin'

dot_data = StringIO()
export_graphviz(dtree, out_file=dot_data,  
                filled=True, rounded=True,
                special_characters=True)
graph = pydotplus.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())  
Image(graph.create_png())

树的外观如下：

Answer 20

我在尝试通过 pydotplus 和 graphviz 创建决策树时遇到了同样的问题。并使用路径变量的方法解决了这个问题。

以下是我使用的具体步骤：

虽然我已经通过 conda 安装命令安装了 graphviz，但我从以下路径重新下载了最新的软件包。 https://graphviz.gitlab.io/_pages/Download/Download_windows.html 下载：graphviz-2.38.zip（稳定版）
已将提取的文件夹复制到 C: 驱动器上的以下路径下。 C:\Program Files (x86)\
修改了系统路径变量并添加了以下路径。路径变量：控制面板>系统和安全>系统>高级系统设置>环境变量>路径 C:\Program Files (x86)\graphviz-2.38\release\bin;
将以上路径添加到环境变量后，重启系统
它运行良好，我能够将决策树创建为 png。

enter image description here

Answer 21

我在Jupyter Notebook中遇到了同样的问题。添加这个，你就可以开始了。

import os

os.environ['PATH'] = os.environ['PATH']+';'+os.environ['CONDA_PREFIX']+r"\Library\bin\graphviz"

Answer 22

我在这个问题上被困了很长时间，但过了一段时间我找到了解决方案：

pip 安装 graphviz
conda 安装 graphviz
现在再次从 => https://graphviz.org/_pages/Download/Download_windows.html（msi 文件）
设置完成后设置路径=> C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin;

Answer 23

对于所有在 windows 10 中遇到此问题的人，即使在尝试了上述步骤之后，这对我也有效 - 对于 Windows 10 个尝试调试相同错误的用户，以管理员身份启动 CMD（重要！）和运行 dot -c 然后运行 dot -v
这解决了我的问题

Answer 24

对于我（Windows 10，Jupyter Notebook）这个问题最简单的解决方案是执行以下操作：

pip 安装 graphviz
重启 jupyter
将以下代码放入notebook并执行：

import sys

sys.path.append('C:/Users/usrname/AppData/Local/Continuum/anaconda3/Library/bin/graphviz/')

Answer 25

这是我用过的新鲜解决方案:)

我遇到了同样的问题，我正在使用 Anaconda 和 Jupyter Notebook。

我解决这个问题的方法不是从互联网上安装 Graphiz.zip！

我刚刚做了这些步骤：

使用>>conda create -n [env_name]
在这个新环境中安装 graphviz 库：>> conda install graphviz
我在笔记本单元格中写下了这些行运行它 import os os.environ['PATH'] = os.environ['PATH']+';'+os.environ['CONDA_PREFIX']+r"\Library\bin\graphviz"

终于，图片出现了，我为此做了一个小聚会，因为我花了3天:(

Answer 26

尝试

import os

os.environ['PATH']=os.environ['PATH']+';'+os.environ['CONDA_PREFIX']+r"\Library\bin\graphviz"

Answer 27

对我来说（Windows 10 + Pycharm2020）这有效：

已将 C:\Program Files\Graphviz\bin 添加到 PATH（Graphviz 二进制文件的路径）
重启 - 也许PyCharm重启就足够了

Answer 28

我刚遇到同样的问题。这是我的解决方案。

1.) 安装graphviz

确保您可以找到此文件夹 INSTALL_LOCATION\"Graphviz2.38\bin"

2.) 对于 Dot 对象，添加此代码

dot.set_graphviz_executables( {'dot': r'C:\Program Files\Graphviz\bin\dot.exe'})

在graphviz.py中确实提供了手动设置执行文件路径的功能。然后，您应该可以运行代码。

仅供参考：这是来自 set_graphviz_executables

的描述

    This method allows to manually specify the location of the GraphViz
    executables.

    The argument to this method should be a dictionary where the keys are
    as follows:

        {'dot': '', 'twopi': '', 'neato': '', 'circo': '', 'fdp': ''}

    and the values are the paths to the corresponding executable,
    including the name of the executable itself.

Answer 29

为 Anaconda - Jupiternotebook 配置 Graphviz 的完整步骤：

从 https://graphviz.org/download/

下载并安装 'EXE installer for Windows 10'

环境变量: 添加C:\Program Files\Graphviz 2.44.1\bin到用户路径

环境变量: 添加C:\Program Files\Graphviz 2.44.1\bin\dot.exe到系统路径

安装 graphviz 后检查这些步骤：

pip 安装 graphviz。
pip 安装 pydotplus
conda 安装 pydotplus
添加环境变量路径(C:\Users<用户名>\anaconda3\Library\bin\graphviz)
重新启动 anaconda jupiter notebook 内核（如果已经运行）。

Answer 30

我通过首先卸载所有已安装的 pydot、pydotplus 和 graphvis 版本解决了这个问题

pip uninstall pydot 
pip uninstall pydotplus
pip uninstall graphviz

然后我重新安装了它们：

conda install graphviz
conda install pydot
conda install pydotplus

Answer 31

在Windows

首先，我们需要使用 pip:

安装库

pip install graphviz

然后，我们可以尝试运行执行以下命令（根据其他答案的建议）：

conda install graphviz

然而，对我来说，这导致了 HTTP 错误

后参考official documentation, I ended up choosing the path of installing graphviz via Chocolatey Package Manager.

在管理员模式下打开您的shell，然后运行执行以下命令：

choco install graphviz -y

重启内核，问题解决。

找不到 Graphviz 的可执行文件 (Python 3.4)

Graphviz's executables are not found (Python 3.4)

python

path

graphviz

pydot

构建分类器

构建树

树的外观如下：