如何在系统发育树中显示分支长度

Question

这里我有从 newick 格式绘制简单系统发育树的代码：

library(ape)
t<-read.tree(text="(F:4,(  (D:2,E:2):1,(C:2,(B:1,A:1):1):1):1);")
plot(t,use.egde.length=TRUE)

我"displaying" 正确的分支长度，但我希望所有分支都有 labal。

编辑：我希望我的情节看起来像这样：我正在搜索文档，但找不到在 R 中显示分支长度的方法。我该怎么做？

Answer 1

您可以通过以下方式获取所需的情节：

t$tip.label <- c("F\n4", "D\n2", "E\n2", "C\n2", "B\n1", "A\n1")
plot(t,show.node.label=TRUE, show.tip.label=TRUE)

但是，我不知道有什么优雅的方法可以在不手动执行的情况下提取长度。

Answer 2

您可以通过提取边长并使用 edgelabels() 来完成。

# Load package
library(ape)

# Create data
t <- read.tree(text="(F:4,((D:2,E:2):1,(C:2,(B:1,A:1):1):1):1);")
plot(t)
edgelabels(t$edge.length, bg="black", col="white", font=2)

如何在系统发育树中显示分支长度

How display length of branches in phylogenetic tree

r

phylogeny