OpenMDAOv1.x：警告：MPI 下的并行派生不是 运行
OpenMDAOv1.x: warning: parallel derivs not running under MPI
我刚刚在我们的超级计算机上安装完 OpenMDAOv1.3。安装成功，所有测试要么通过，要么跳过。但是，当我 运行 测试时，我收到以下警告：
*path/OpenMDAO/openmdao/core/driver.py:228: UserWarning: parallel derivs %s specified but not running under MPI
warnings.warn("parallel derivs %s specified but not running under MPI")
我不确定该怎么办（如果有的话），所以我正在寻找有关警告消息含义的信息。我们计划 运行 与 OpenMDAO 的内置 MPI 功能并行。我目前在系统上加载了 openmpi-1.8.4。
您可以忽略该警告...这只是因为测试未 运行ning 在 MPI 下。 （测试将修复以抑制警告）。
您还需要执行其他步骤才能 运行 并行进行。这还没有被记录下来，但是我们中的一些人在 anaconda 环境中工作时一直在使用以下步骤：
sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev
pip install mpi4py # do not use conda install, this causes an mpich conflict
sudo apt-get install liblapack-dev gfortran
pip install --no-deps git+https://bitbucket.org/petsc/petsc@v3.5
conda install cython
pip install --no-deps git+https://bitbucket.org/petsc/petsc4py@3.5
为了验证你是否准备就绪，你可以 运行 mpitests 目录中的测试，如下所示：
cd mpitests
find . -name "*.py" -exec python {} \;
或者您可以使用来自
的testflo包
pip install git+https://github.com/naylor-b/testflo.git
然后从 OpenMDAO 目录发出以下命令：
testflo . -i
请注意，这假定了 Linux 类型的操作系统。目前不支持 Windows 上的并行执行
为了使用 Conda、OpenMPI、mpi4py、PETSc 和 petsc4py 并行获得 OpenMDAO 运行，我已经将 OS X 的 this 过程改编为 Ubuntu：
先决条件
Ubuntu
sudo apt-get install libibnetdisc-dev
sudo apt-get install libblas-dev libatlas-dev liblapack-dev
安装 OpenMPI
下载 OpenMPI：https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/
提取和配置
cd ~/Downloads/openmpi-1.10.1
mkdir build
cd build
# I prefer to keep /usr/local clean, so I put it in /opt/openmpi
./configure --prefix=/opt/openmpi --with-devel-headers --enable-binaries
make
sudo make install
将以下内容添加到您的 bash 个人资料
OS X
export DYLD_LIBRARY_PATH=${DYLD_LIBRARY_PATH}:/opt/openmpi/lib
export PATH=${PATH}:/opt/openmpi/bin
Ubuntu
export LD_LIBRARY_PATH=LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH
激活您的 conda 环境
source activate myenv
安装mpi4py
git clone https://github.com/mpi4py/mpi4py.git ./mpi4py.git
cd mpi4py.git
python setup.py build --mpicc=/opt/openmpi/bin/mpicc
python setup.py install
安装 PETSc
git clone https://bitbucket.org/petsc/petsc.git ./petsc.git
cd petsc.git
python setup.py build
python setup.py install
安装 petsc4py
git clone https://bitbucket.org/petsc/petsc4py.git ./petsc4py.git
cd petsc4py.git
python setup.py build
python setup.py install
我刚刚在我们的超级计算机上安装完 OpenMDAOv1.3。安装成功，所有测试要么通过，要么跳过。但是，当我 运行 测试时，我收到以下警告：
*path/OpenMDAO/openmdao/core/driver.py:228: UserWarning: parallel derivs %s specified but not running under MPI
warnings.warn("parallel derivs %s specified but not running under MPI")
我不确定该怎么办（如果有的话），所以我正在寻找有关警告消息含义的信息。我们计划 运行 与 OpenMDAO 的内置 MPI 功能并行。我目前在系统上加载了 openmpi-1.8.4。
您可以忽略该警告...这只是因为测试未 运行ning 在 MPI 下。 （测试将修复以抑制警告）。
您还需要执行其他步骤才能 运行 并行进行。这还没有被记录下来，但是我们中的一些人在 anaconda 环境中工作时一直在使用以下步骤：
sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev
pip install mpi4py # do not use conda install, this causes an mpich conflict
sudo apt-get install liblapack-dev gfortran
pip install --no-deps git+https://bitbucket.org/petsc/petsc@v3.5
conda install cython
pip install --no-deps git+https://bitbucket.org/petsc/petsc4py@3.5
为了验证你是否准备就绪，你可以 运行 mpitests 目录中的测试，如下所示：
cd mpitests
find . -name "*.py" -exec python {} \;
或者您可以使用来自
的testflo包pip install git+https://github.com/naylor-b/testflo.git
然后从 OpenMDAO 目录发出以下命令：
testflo . -i
请注意，这假定了 Linux 类型的操作系统。目前不支持 Windows 上的并行执行
为了使用 Conda、OpenMPI、mpi4py、PETSc 和 petsc4py 并行获得 OpenMDAO 运行，我已经将 OS X 的 this 过程改编为 Ubuntu：
先决条件
Ubuntu
sudo apt-get install libibnetdisc-dev
sudo apt-get install libblas-dev libatlas-dev liblapack-dev
安装 OpenMPI
下载 OpenMPI：https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/
提取和配置
cd ~/Downloads/openmpi-1.10.1
mkdir build
cd build
# I prefer to keep /usr/local clean, so I put it in /opt/openmpi
./configure --prefix=/opt/openmpi --with-devel-headers --enable-binaries
make
sudo make install
将以下内容添加到您的 bash 个人资料
OS X
export DYLD_LIBRARY_PATH=${DYLD_LIBRARY_PATH}:/opt/openmpi/lib
export PATH=${PATH}:/opt/openmpi/bin
Ubuntu
export LD_LIBRARY_PATH=LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH
激活您的 conda 环境
source activate myenv
安装mpi4py
git clone https://github.com/mpi4py/mpi4py.git ./mpi4py.git
cd mpi4py.git
python setup.py build --mpicc=/opt/openmpi/bin/mpicc
python setup.py install
安装 PETSc
git clone https://bitbucket.org/petsc/petsc.git ./petsc.git
cd petsc.git
python setup.py build
python setup.py install
安装 petsc4py
git clone https://bitbucket.org/petsc/petsc4py.git ./petsc4py.git
cd petsc4py.git
python setup.py build
python setup.py install