如何在 R 中制作 scatterplot/bubble 图表，包括来自两个矩阵的连续离散变量
How to make a scatterplot/bubble chart in R including continuous an discrete variables from two matrices
我有两个数据矩阵（这是一个例子）：
矩阵 1：基因型（缺少数据）
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HET
矩阵 2：读取计数
0 0 1 2 2
0 0 1 2 2
0 0 1 2 2
0 0 1 2 3
0 0 1 2 3
我想在 R 中创建类似于此绘图的 scatterplot/bubble 图表：
这是另一个答案。它很相似，但与 Rawr 采用的方法有一些不同，主要是我假设数据是矩阵（而不是数据帧）并使用了另一个绘图引擎。
library(reshape2)
library(ggplot2)
#combine the data, as we need to be able to count each occurence of combinations
#assumes data are in matrices. converts to dataframe because of different types
mydat <- data.frame(geno=as.vector(geno),
readcount=as.vector(readcounts))
#remove missings
mydat <- mydat[!is.na(mydat$geno),]
#aggregate using reshape
plotdata <- dcast(geno+readcount~"count",
data=mydat, fun.aggregate = length, value.var="readcount")
#plot
p1 <- ggplot(plotdata, aes(x=readcount,y=geno)) +
geom_point(aes(size=count)) +
scale_x_continuous(breaks=1:3)+
theme_bw()
p1
我有两个数据矩阵（这是一个例子）：
矩阵 1：基因型（缺少数据）
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HET
矩阵 2：读取计数
0 0 1 2 2
0 0 1 2 2
0 0 1 2 2
0 0 1 2 3
0 0 1 2 3
我想在 R 中创建类似于此绘图的 scatterplot/bubble 图表：
这是另一个答案。它很相似，但与 Rawr 采用的方法有一些不同，主要是我假设数据是矩阵（而不是数据帧）并使用了另一个绘图引擎。
library(reshape2)
library(ggplot2)
#combine the data, as we need to be able to count each occurence of combinations
#assumes data are in matrices. converts to dataframe because of different types
mydat <- data.frame(geno=as.vector(geno),
readcount=as.vector(readcounts))
#remove missings
mydat <- mydat[!is.na(mydat$geno),]
#aggregate using reshape
plotdata <- dcast(geno+readcount~"count",
data=mydat, fun.aggregate = length, value.var="readcount")
#plot
p1 <- ggplot(plotdata, aes(x=readcount,y=geno)) +
geom_point(aes(size=count)) +
scale_x_continuous(breaks=1:3)+
theme_bw()
p1