for 循环中的 If 运算符

Question

我有如下输入文件，需要对每 3 列三元组进行此转换col1*0 + col2*1 + col3*2。

input.txt - 所有正数，可以是小数，真实文件有 1000 列。

0 0 0 1 0 0
0 1 0 0 0 1
0 0 1 0 0 0

我有下面的 gawk 行：

gawk '{for(i=1;i<=NF;i+=3)x=(x?x FS:"")(($(i+1))+($(i+2)*2));print x;x=y}' input.txt
0 0
1 2
2 0

此外，我需要检查3个数字是否全为零，如果全为零则转换应该是-9。

伪代码：

if($i==0 & $(i+1)==0 & $(i+2)==0) {-9} else {$(i+1)+$(i+2)*2}
#or as all numbers are positive.
if(($i+$(i+1)+$(i+2))==0) {-9} else {$(i+1)+$(i+2)*2}

预期输出：

-9 0
1 2
2 -9

资料说明： 此数据是从 IMPUTE2 software - a genotype imputation and haplotype phasing program. Rows are SNPs 输出的，列是样本。每个 SNP 由 3 列表示。每个 SNP 有 3 个数字，范围为 0-1（等位基因 AA AB BB 的概率）。所以在上面的例子中我们有 3 个 SNP 和 2 个样本。插补也可以表示为剂量值，每个 SNP 1 个数字，范围为 0-2。我们正在尝试将概率格式转换为剂量格式。当 IMPUTE2 不能给任何等位基因任何概率时，它输出为 0 0 0，那么我们应该转换为 no call -9.

Answer 1

如果给定的三个列是 0，您希望总和不同。为此，您可以将三元运算符扩展为 >

gawk '{ for(i=1;i<=NF;i+=3) {
          x=$(i+1) + $(i+2)*2;   # the sum
          res=res (res ? FS : "") ($i==0 && $(i+1)==0 && $(i+2)==0 ?-9:x)
        }
       print res; res=""         # print stored line and empty for next loop
      }' file

即如果所有元素都是0，则追加值-9。否则，计算出的 x:

res=res (res ? FS : "") ($i==0 && $(i+1)==0 && $(i+2)==0 ?-9:x)
                         ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^   ^
                           if three columns are 0..........|

如果所有值都是正数，则可以重新格式化检查以仅比较总和是否为 0。

($i + $(i+1) + $(i+2)) ? x : -9

用你的文件测试显然有效：

$ gawk '{for(i=1;i<=NF;i+=3) {x=$(i+1) + $(i+2)*2; res=res (res ? FS : "") ($i==0 && $(i+1)==0 && $(i+2)==0 ?-9:x)} print res; res=""}' file
-9 0
1 2
2 -9

Answer 2

另一个awk单行（假设非负输入值）

$ awk '{c1=+2*;c2=+2*; print c1||?c1:-9,c2||?c2:-9}' lop
-9 0
1 2
2 -9

for 循环中的 If 运算符

If operator inside for loop

awk

for-loop

bioinformatics